Los sistemas de alerta enviaron alertas días antes de las fuertes lluvias, pero no llegaron a tiempo a muchos residentes o funcionarios, según informes de la BBC.
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Más de 180 personas murieron en la inundación y más de 170 siguen desaparecidas mientras comienza el devastador esfuerzo de limpieza.
Armin Schuster, titular de la Oficina Federal de Protección Civil, dijo que "la infraestructura de alerta no era problema nuestro, sino la eficiencia con la que las autoridades y la población reaccionaron ante estas alertas".
"Enviamos 150 advertencias a través de nuestras aplicaciones, a través de los medios", dijo.
Sin embargo, Schuster dijo que era imposible predecir ni siquiera con media hora de anticipación qué lugares serían los más afectados.
Los críticos ahora han cuestionado la utilidad de las aplicaciones de advertencia, ya que las inundaciones han cortado muchos enlaces telefónicos.
Y el opositor Partido Verde dijo que el desastre mostró que Alemania necesitaba prepararse mejor para los eventos climáticos extremos.
Sin embargo, el gobierno alemán ha respondido a las críticas a sus sistemas de alerta, y el ministro del Interior, Horst Seehofer, calificó las críticas como "retórica electoral barata".
"Sería totalmente inconcebible que un desastre de este tipo se gestionara de forma centralizada desde cualquier lugar; se necesita conocimiento local", dijo.
Las discusiones sobre la efectividad de los sistemas de alerta se producen cuando la canciller Angela Merkel visitó las áreas afectadas por las inundaciones el lunes, incluida una presa en el oeste de Alemania que está en peligro de colapsar.
El número de muertos en Alemania aumentó a al menos 180 de la noche a la mañana en el peor desastre natural del país en décadas.
Se pidió a unos 4.500 residentes de pueblos cercanos al embalse Steinbach en Renania del Norte-Westfalia, Alemania, que evacuaran sus hogares por temor a que la presa de 17 metros colapsara.
Las autoridades locales dijeron que la situación era "estable pero no exenta de crisis" después de que ayer se detectaran grietas en la presa. La región experimentó tres meses de lluvia en una semana.
En otros lugares, unas 110 personas han muerto en la zona más afectada de Ahrweiler, al sur de Colonia, y la policía espera encontrar más cadáveres a medida que la inundación retroceda.
Comunidades enteras en los estados de Renania-Palatinado y Renania del Norte-Westfalia se han quedado sin electricidad en los últimos días. En Renania del Norte-Westfalia, al menos 45 personas murieron en las inundaciones.
Merkel viajó esta semana a Renania-Palatinado, hogar de la aldea de Schuld, devastada por las inundaciones, donde inspeccionó los daños y se reunió con los lugareños.
Aunque las lluvias cesaron en las zonas más afectadas de Alemania, Bélgica y los Países Bajos, persistieron tormentas y aguaceros en otras partes de Europa occidental y central.
El domingo por la noche, se produjeron inundaciones en la zona fronteriza germano-checa y en la esquina sureste de Alemania y más allá de la frontera con Austria.
Unas 65 personas fueron evacuadas en la región alemana de Berchtesgaden después de la inundación del río Ache, con al menos una persona muerta.
En Austria, una inundación repentina barrió la ciudad de Hallein anoche, pero no se informó de víctimas.
El canciller Sebastian Kurz dijo en Twitter que las fuertes lluvias y tormentas continúan causando graves daños en varias partes de Austria.
Se está llevando a cabo un esfuerzo de limpieza masivo en las áreas afectadas por la inundación, y los medios alemanes informan sobre la contaminación por petróleo de los ríos, incluidas partes del Vino, por el combustible de calefacción en sótanos inundados y automóviles abandonados.
Una prioridad fue el suministro de agua potable, con tuberías de agua dañadas en algunas de las áreas afectadas.
Según los informes, el gobierno ha considerado una ayuda de alrededor de 400 millones de euros (344 millones de libras esterlinas; 470 millones de dólares).
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